Ученый совет является основным координирующим органом научной и научно-производственной деятельности института. Возглавляет Ученый совет директор ФГБНУ ФНЦО, доктор сельскохозяйственных наук, академик РАН А.В. Солдатенко.
Его заместителем является руководитель отделения фундаментальных и прикладных исследований доктор сельскохозяйственных наук О.Н. Пышная, ученым секретарем – кандидат сельскохозяйственных наук Л.К. Гуркина. В настоящее время Ученый совет насчитывает 27 человек, в его состав входят руководители филиалов, научных групп, научных и опытно-производственных подразделений, ведущие ученые и специалисты ФГБНУ ФНЦО.
На заседаниях Ученого совета рассматриваются вопросы по основным направлениям научной и производственно-хозяйственной деятельности ФГБНУ ФНЦО, утверждаются планы научно-исследовательских работ, подготовки научных кадров, сотрудничества с другими научными учреждениями, материально-технического и финансового обеспечения выполняемых работ. Ученый совет заслушивает и утверждает отчеты о результатах научно-исследовательской деятельности ФГБНУ ФНЦО, рассматривает структуру и кадровые вопросы, объединяет усилия всего научного коллектива на повышение эффективности использования достижений науки в сельскохозяйственном производстве.