ООО Научно-производственная компания «СИНТОЛ» провела с 7 по 9 апреля в Москве практическую школу «Секвенирование и генотипирование ДНК. С отечественными разработками в области секвенирования ДНК приехали познакомиться специалисты из различных областей медицины и сельского хозяйства. География участников включала специалистов и исследователей из Томска, Казани, Ижевска, Севастополя, Калуги, Москвы и Московской области. В рамках курса был представлен обзор существующих решений от компании «Синтол». В практической школе приняла участие к.с.х.н., научный сотрудник лаборатории молекулярно-иммунологических исследований ФГБНУ «Федеральный научный центр овощеводства» Слетова Мария Евгеньевна.
Руководитель отдела научно-методической поддержки, к.б.н. Илья Волков познакомил слушателей с теоретическими аспектами курса, включающего три основных блока:
- Подготовка образцов для анализа ДНК.
- Секвенирование ДНК методом Сенгера.
- Фрагментный анализ ДНК.
Детально были изучены следующие темы:
- Введение в капиллярный электрофорез. Принципы метода, устройство прибора Нанофор 05. Приложение для секвенирования и фрагментного анализа ДНК в медицине, в генетике растений, животных и микроорганизмов
- Введение в химию реакции секвенирования. Принцип секвенирования ДНК методом Сенгера. Сходства и отличия ПЦР и реакции секвенирования по Сенгеру. Рабочий процесс (метод Сенгера) при секвенировании плазмидной и геномной ДНК.
- Программное обеспечение для анализа данных. Обзор программы для анализа данных секвенирования Mutation Surveyor® software. Обзор наиболее частых проблем секвенирования ДНК по Сенгеру.
- Обзор наиболее частых проблем секвенирования ДНК по Сенгеру Демонстрация проблемных данных.
- Управляющая программа «Нанофор 05». Обзор программы «Нанофор 05». Задание калибровок прибора. Программы – помощники (обслуживание прибора). Способы задания эксперимента (секвенирование, фрагментный анализ). Мониторинг текущего состояния прибора. Просмотр сырых данных в реальном времени.
- Калибровки прибора. Принципы, лежащие в основе пространственной и спектральной калибровок прибора. Проблемы, связанные с ошибками проведения пространственной калибровки. Проблемы, связанные с ошибками при спектральной калибровке или ее выборе.
- Обслуживание прибора. Профилактические мероприятия. Ежедневные/ еженедельные/ ежемесячные. Проблемы, которые возникают как результат при неверном обслуживании прибора
- Введение в химию фрагментного анализа ДНК, принципы анализа данных. Что такое фрагментный анализ? Типы фрагментного анализа, рабочий процесс ФА. Получение меченых фрагментов. Принцип ФА. Стандарты молекулярных масс. Принцип мультиплексирования меченых фрагментов в одном капилляре.
- Панели, маркеры, бины. Относительная подвижность фрагментов, определение, следствия. Оптимизация условий ПЦР. Оптимизация условий капиллярного электрофореза, решение проблем (количество образца, формамид, электрокинетическая инъекция, механизм образования pull‐up пиков и спайков при проведении ФА.
В насыщенной практической части были проведены лабораторные опыты и работа с программным обеспечением в группах:
- Очистка продуктов реакции секвенирования с помощью набора «SeqMag».
- Создание проекта анализа. Запуск анализа на генетическом анализаторе Нанофор 05 Загрузка очищенных продуктов реакции секвенирования в прибор Нанофор 05. Демонстрация данных.
- Анализ результатов секвенирования ДНК. Анализ полученных данных. Самостоятельная работа с программой для анализа данных
- Практика ПЦР для фрагментного анализа ДНК.
- Программное обеспечение для анализа данных Обзор программы для анализа данных фрагментного анализа ДНК GeneMarker® software. Приложения фрагментного анализа ДНК. Демонстрация данных. Работа с программным обеспечением в группах.
Обучение проходило в живой творческой атмосфере, задавались актуальные вопросы, связанные с эксплуатацией приборов и работы с программным обеспечением, слушатели активно делились своим опытом. В результате обучения между участниками практического курса наметились возможные варианты для дальнейшего сотрудничества.
